パーミッションなどの設定も終わり、最後の管理用のパスワードを作成したら下記のような表示が出ます。
【Error
インデックスファイルの形式に問題があります.
ブラウザの[戻る]ボタンを押して前の画面に移動してください.】

>インデックスファイルの形式に問題があります.
●  cgi-local ディレクトリーは CGIファイルを置きます。他の場所にも置く
ことはできますがCGIファイルはこのディレクトリーに置くことをお勧めします。 

と言う設定上の条件がサーバー側にありますので、

階層図としては以下の方をテストされたでしょうか？

　　cgi-local(プロバイダ指定のディレクトリ)
     |
     |-- axs(作業ディレクトリ)
     |-- msg(作業ディレクトリ)
     |-- tree(作業ディレクトリ)
     |
     |- *.cgi
     |- *.pl
     |- *.dat
     |- webboard.idx

　　bbs(任意のディレクトリ)
     |
     |- index.html ... "../cgi-local/webboard.cgi"等のように設定する

試していません。
しかし、他のCGIはちゃんと動くのです。
なぜ、このCGIだけcgi-localにいれないといけないのでしょうか？