現在、ブロキューを設置しようと試みています。

「最近の記事」や「過去ログ」などのリンクの文字を小さくしたいと考えているのですが、
どの部分を変更して良いかわかりません。

是非ご教授よろしくお願いいたします。

文字サイズの変更のテストをしてみましたが、結論から先に申し上げますと
IEの場合に表示(V)→文字サイズ(X)→中(M)に設定した時に

“最近の記事”及び”過去ログ“　の文字フォントが丁度の小文字の大きさになります。

base.cgi<644>
過去ログに関して次の改造で文字フォントは小さくなります。
57: <tr><td><!--[pastlog]--></td></tr>を
　　<tr><td><font size=1><!--[pastlog]--></font></td></tr>　
又は<tr><td><small><!--[pastlog]--></small></td></tr>

但し“最近の記事”の場合は53:を上記のように改造しても変更がありません。
なお“最近のコメント”でも80:も同様に改造が効きません。
冒頭の文字サイズ変更のIEをご説明の手順で変更すれば可能です。