ローカルでプログラムを動かすのですが。HTMLでファイルをもらったものを
違うHTMLファイルに造りかえるのですが、元のHTMLタグがじゃまなので消去
したいのです。ソフトを使えばできるのですが、できるだけ自動処理したい
のです。どうすれば削除できますか？

スクリプトを組んでもできますが、完全なものを作るのには結構骨が折れます。

これはモジュールを使うのが一番簡単です。
HTML::TokeParser
と言うものがあるのでこれを使います。

使い方等は以下を見てください。
http://search.cpan.org/search?dist=HTML-Parser

どうしてもスクリプトを組みたいのであれば書き込んでください。