以下のフォームから送る場合の説明をします

<form action="fileup.cgi" method="POST" enctype="multipart/form-data">
<input type=file name=upfile size=50>
<input type=submit value="アップロード">
</form>

require 'cgi-lib.pl';
&ReadParse;
$upfile = $in{'upfile'};　　←ファイル本体
$name   = $incfn{"upfile"};　←フォルダ名とファイル名

ディレクトリ情報も一緒にくっついてきますので
「c:\photo\001.jpg」のような値が返されます。
そこで、下記のようにしてファイル名だけにします
@names = split(/\\/,$name);
$name = $names[$#names];

その後は
open(OUT,">$name");
binmode(OUT);
print OUT $upfile;
close(OUT);

これでファイル名そのままでアップできます