画面切り替えの時にフレーム部分が残ってしまうので、CGIでウィンドウを閉じることはできますでしょうか？

「この状態からこうするとこうなってしまうが、これをなくしてこのようにしたい」程度には
詳しく教えていただかないと、何をどう答えていいのか困ってしまいます。
何をしたいのか、もう少し具体的に書いてください。

とりあえず原則論で言うと、ウインドウを閉じるのはクライアント（見る側）の仕事なので、
サーバ側で働くCGIでは操作できません。
クライアント側を制御するには一般にJavaScriptがよく使われます。
そして、CGIがJavaScriptを送り出すことは可能です。

あと、フレームを解除したいだけであれば、HTMLのtarget属性が使えますね。

ありがとうございます。これからはもう少し詳しく説明するようにしますね。
とりあえず今回は、フレームを解除するだけでなんとかなりそうなんですけど
TARGET属性というのはどのように使用すればいいのでしょうか？

あっ、できました。すいません。ありがとうおざいました。