はじめまして。
当方　下記の環境にてweb用のテスト機を作りcgiの動作を確認しております。
 
os : win2000pro

apache(インストール先 :C:\Program Files\Apache Group\Apache￥Apache.exe)

ative perl 5.8.2.808 (インストール先：C:\usr\local\bin\perl.exe)  

目的のhtmlページとcgiのプログラム（アクセスカウンタです）が入ったフォルダを　

C:\Program Files\Apache Group\Apacheの直下に置いた時はページも適切に表示され

cgiも上手く動作するのですが、

C:\Documents and Settings\kaneko\My Documentsの直下に目的のフォルダを置き換えて

httpd.confの中のDocumentRootを書き換えて見たところhtmlページは正しく表示されるのですが

cgiがまったく作動しません。

このような場合はどこで設定を換えればcgiが動く様になるのでしょうか？

　ちなみにcgiプログラムの一行目は　#!/usr/local/bin/perl　となっております。

　お分かりになる方がおられましたら宜しくお願いいたします

以下のURLを参照してください。
私も同様のことをしようとしてGoogleで検索して、CGIが動くようにできました。

http://www.atmarkit.co.jp/fjava/javatips/083container012.html

WEB-INF/web.xmlへの設定とActivePerlのダウンロード＆インストールでＯＫです。
C++で作成したexeでも、設定によりCGIとして動作させることが可能です。

＠ＫＡＮ 様
ご回答有り難う御座いました。
試してみたいと思います。