私はnamazuをインストールしました。
私の配置は
win2k pro+sp4
tomcat 5.0
Namazu 2.0.14 for Win32 
ActivePerl 5.008007
kakasi 2.3.4

tomcatの設置ファイルweb.xmlにcgiの機能を設定しました。
namazu文書の方法のとおり、インストールしました。
もし、tomcat5.0で namazu が動きません。
http://XXXX/cgi-bin/namazu.cgi.exeを実行する時、
tomcatのlogファイル中に”cgi: runCGI (stderr):Unrecognized character \x90 at 
C:\Tomcat 5.0\webapps\jsp-examples\WEB-INF\cgi\namazu.cgi.exe line 1.”
エラーメッセージが出ています。

解決方法をご教示頂ければ、助かります。
よろしくお願いいたします。

これは、Web.xmlでexecutableの設定が行われていないため、デフォルトのPerl-CGIで
処理しようとしているためだと思われます。
executableの設定で、設定なしにすることでexeをcgiで実行できるようになります。

    <servlet>
        <servlet-name>cgi</servlet-name>
        <servlet-class>org.apache.catalina.servlets.CGIServlet</servlet-class>
        ・・・省略・・・
        <init-param>
          <param-name>executable</param-name>
          <param-value></param-value>
        </init-param>
        ・・・省略・・・
    </servlet>