CGI Error
The specified CGI application misbehaved by not returning
a complete set of HTTP headers. The headers it did return are:

と出てしまいます。
独自ドメインなのでパーミッション等の設定は自動的にしてくれます。
ダウンロードして、setup,cgiを書き換えただけなのに、どうしてなのでしょうか。
よろしくお願いします。

ドメインに関係なく、web server で対応が変わりますし、perl によっても代わります。
サーバー管理者の設置したサポートページから見直してみましょう。
#!c:\usr\bin\perl なんて表記でも動きが変わりますので。

お答え本当に、ありがとうございます。
教えていただいたように、入れてみたのですが。
下記のような、メッセージが出てしまいます。

CGI Error
The specified CGI application misbehaved by not returning a complete set 
of HTTP headers. The headers it did return are:
Can't locate ./setup.cgi at \\EX2KFTP02\EX2K_HostWebSite\toyokohan\ショッピングバスケットプロ_6.10\cart.cgi line 3.

購買のチャンスを逃さないためにも、何とかして。
設置したいのですが。
よろしくお願いします。
追伸：再インストールの憂き目に遭いまして、、
お返事が遅れましたこと、お詫び申し上げます。

require './setup.cgi';
という指示の場所に setup.cgi がない、と言っています。