http://www.rescue.ne.jp/CGI-BBS/soho/cargo/20010805155723.shtmlを
みて設定してみたのですが、
どうしても、データがはいりません。

当方SSLを使用していますが、そのせいでしょうか？
 cgi-bin--/cart--cart.cgi
               --setup.cgi

        --/cargo_data--order.cgi
とし、
setup.cgiの設定は$order_csv = '../cargo_data/order.csv';
としました。

cgi-bin -|- cart -|- cart.cgi
         |        |- setup.cgi
         |
         |- cargo_data -|- order.cgi

の中に、order.csv がありません。恐らく、order.cgiがそれですね？
安全のために拡張子だけ.cgiに変更したとして説明します。

相対的に設定する場合ですが、方法論はそれであっていますが、
$order_csv = '../cargo_data/order.csv';
だと、order.csv ではなく、order.cgi でなければなりません。
order.csvというファイルは存在していないからです。
単にこの設定ミスだけなら、それで書き込みされると思います。