ダウンロードし、そのままローカルで試しましたが
サンプルページの様に正常な検索結果が表示できません。

トップページでは
検索結果 34 件 [ 1 2 3 4 ] [更新]
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ページ 1 (1〜10)

と正常に表示されますが2ページ目をクリックすると
検索結果 34 件 [ 1 ] [更新]
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ページ (-9〜0)

と表示されます。
どうしてでしょうか？

私も同じ現象が起こりました。
現在は、search.cgi の３０行目付近にある

$value =~ s/\s//g;

をコメント化すると動作いたしました。（空白置換をしていません。）
なぜ動作したかは考え中です。
今のところ実使用に弊害は見当たりませんが^_^;
お分かりになる方お教え下さい。