カウンタを設置しようとして、
ファイルをダウンロード→解凍そしてアップロードしたんですが、
txt、cgiファイルがアップロードに失敗してしまいます。
解決策を教えてください。

ftpの転送用ソフトは何を使っていますか？

プロバイダーのQ&Aに以下のような注意事項がありました。 
 
 　ホームページ作成について 
 
Ｑ ＣＧＩやＳＳＩの利用は可能ですか？ 
A
 ＦＣ２ＷＥＢでは、ＣＧＩ・ＳＳＩの利用を完全に禁止しております。なぜかと
申しますと、ＣＧＩ・ＳＳＩはサーバーに多くの負担をかけ利用者が増えるとサー
バーが不安定になるため利用を完全に禁止しております。

※有料版にアップグレードされても、ＣＧＩ・ＳＳＩはご利用できません。
※ＣＧＩ・ＳＳＩをご利用の場合は、ＦＣ２レンタルサーバにご契約頂ければと
思います。