毎度です。
既存のフォルダを中身ごとコピーして違う名前で設置する方法が分かりません。
何か簡単でよい方法ありませんでしょうか。

system("cp -r dir/ dir2/");

こんなのはいかがでしょう？
サーバ環境次第では動かないかもですが。

'cp' は、内部コマンドまたは外部コマンド、
 操作可能なプログラムまたはバッチ ファイルとして認識されていません。

となりました。
他にはどんな方法がありますでしょうか？

スクリプトは下記の通りです。
****************************************************
require  './jcode.pl';

use CGI qw(:standard);


#初期設定

( $sec , $min , $hour , $day , $mon , $year ) = localtime( time );
$mon++;
$year += 1900;
$id = sprintf("usr%04d%02d%02d%02d%02d%02d",$year,$mon,$day,$hour,$min,$sec);

system("cp -r defult/ $id/");

print "設置完了";
****************************************************

これはどうでしょう？

****************************************************
require  './jcode.pl';

use CGI qw(:standard);


#初期設定

( $sec , $min , $hour , $day , $mon , $year ) = localtime( time );
$mon++;
$year += 1900;
$id = sprintf("usr%04d%02d%02d%02d%02d%02d",$year,$mon,$day,$hour,$min,$sec);

mkdir($id,0755);
system("xcopy defult $id");

print "設置完了";
****************************************************

ありがとうございました。
ちなみに、このCGIをdefultと一緒にしてadminに設置し、コピーする際にusrフォルダーに
コピーしたい場合はどのようにしたらよいのでしょう。

分かりやすくいうとこんな感じです

mkdir(../usr/$id,0755);
system("xcopy defult ../usr/$id");
↑これではできませんでした。

よろしくお願いいたします。

$id = sprintf("c:\www\usr\%04d%02d%02d%02d%02d%02d",$year,$mon,$day,$hour,$min,$sec);

などとすれば出来る気がします。