お世話になります。

Log Analyzer(SSI)をhome/httpd/とhome/****/public_html/のそれぞれに
設置しています。

home/****/public_html/に設置した場合、正常の動作を示してくれるの
ですが、home/httpd/に置いた場合、
　* <!--#exec cmd="./analyze/log.pl"-->はソースから消える
　* analyze.cgiは正常に？動作する
にも関わらず、ログが全く保存されません。

.htaccessやhttpd.confを色々いじくっても、全く状況が改善されません。
原因がどこにあるかすら分からなくなってしまいました。

同じような症状を改善された方、原因に心当たりのある方、ご教授下さい。

それだけの情報ですと、どこに原因があるのか判別が難しいのではないかと思います。
まずは原因を絞っていくとよろしいかと思います。

まずは、httpd.confが悪いのかperlプログラムが悪いのかを判別。
私の勘ではhttpd.confの方に原因があるかと思います。

ドキュメントルートの設定は？
CGIの設定は？
SSIの設定は？
.htaccessの設定は？

また、perlプログラム側で原因があるとすれば、
パーミッションが違っている場合があります。

ディレクトリのパーミッションは？
ログファイルのパーミッションは？
直接log.plを動かすとどのように動くのか？
実際にlog.plはログを書き出しているのか？

この辺をひとつずつ調べては戻すの作業を行えば原因が見えてくるかと思います。

たしかにそうですね。仰るとおりです。
もうちょっとhttpd.confを煮詰め、それでもダメだったら
詳しい条件を書いて再度お願いします。

# パーミッション設定は大丈夫でした。