ApacheのサーバーでPerlスクリプトをＣＧＩとして実行中
10回に１回くらいInternal Server Errorを起こします。
原因が特定できなくて困っています。
対処法や原因をご存知の方はぜひ教えて下さい。

これだけでは誰も何とも答えようがありません。
・今後は「CGIがときどきエラーを起こす」のように適切な題名をつけてください。
　内容を推測できない題名では、後から検索できません。
・どこのどんなサーバでどのようなCGIを使っているのかを明記しましょう。
　環境がわからなければ原因も推測のしようがありません。
　そのために投稿ページにチェック項目があるのです。無視するとお互いに損をします。
以上を確認の上、再度質問してください。