FTPサーバ内に ディレクトリを設定しましたが、消去出来なくなりました。
エラーメッセージは「Directory not empty」と表示されます。

> Directory not empty
ディレクトリが空でない、と言っていますね。
中のファイルを全て消してからディレクトリを消してみましょう。

早速のご回答ありがとうございます。
サーバ内のファイルを削除いたしましたが、ディレクトリだけが残ります。
再度、ご回答の程、よろしくお願いいたします。

shellコマンドを実行出来るなら、
rm -rf [dir]
で、消せるかと思います。