アンケートフォームからcgi（perl言語）でsendmailコマンドを呼び出しております。
ウェブ健康診断でメールヘッダ・インジェクションの脆弱性を指摘されました。
sendmailを利用しないでファームからメールを送信する方法はありますか？。
また、そのようなスクリプトはありますか？。

具体的にどんなメールヘッダがどのような理由で脆弱なのかを
確認してみてください。

診断ツールでは、大げさに細かいことまで表示する場合があります。

sendmail等のMTAを使わないで送信する方法はなく、あえていえば、
mailto:を使ってクライアントの電子メールソフトに投げるのが
唯一の方法だと思います。